Mientras que el puquina se emplazaría inicialmente en la cuenca del lago Titicaca y sería la lengua de la civilización tiahuanacota (y de sus antecesores Pukará y Chiripa), como también de Qhunqhu Wankani; el pre-proto-aymara se habría originado en la costa (Lima e Ica) y era la lengua de Paracas y Nazca; que luego se escindió, hacia el 200 a.C., en una rama (aymara central) que se quedó en su origen —son las lenguas tupinas (jaqaru y kawki)— y otra (la rama sureña) se desplazaría a la sierra: el proto-aymara de Ayacucho. Que hacia el 600 d.C. (vehiculado por el Estado Wari) dominaría incluso al proto-quechua hacia el norte —el quechua se había originado en la sierra centro-norteña peruana—, y lo ha remodelado: fue ese fenómeno de convergencia que produjo el isomorfismo tipológico entre el aymara y el quechua, como el léxico compartido (Cerrón-Palomino, 2013).
En el Horizonte Medio, hacia el sur, la lengua collavina aymara entró en contacto con el puquina de Tiahuanaco (en Arequipa y Moquegua) pero coexistiendo a distancia hasta el año 1100 aproximadamente, aunque con muchos intercambios. En el Intermedio Tardío, los pueblos aymaras incursionan hacia el altiplano colla-puquina, como lengua dominante por unos 350 años (resultando entonces que a la invasión de los españoles, los collas ya eran bilingües); así que se tiene más de 8 siglos de convivencia aymara-puquina.
Alrededor de 1450 llegarían también los gobernantes quechuas al altiplano y los valles (el chaco, llanos y amazonía); propagándose así el quechua de Chinchay hacia el sur [Sabemos que los incas primero fueron puquinas (los que se van de Thiyawanaqu ), y al establecerse en Cuzco se aymarizaron —siendo el aymara el idioma de los incas hasta el reinado de Pachakuti, quien expande militarmente el Tawantinsuyu— y fue Wayna Qhapaq (el penúltimo Inka) que se oficializó el quechua como lengua general, porque su madre (la Qhuya de Tupa Yupanki) era de Chincha].
La fuente colonial existente sobre el puquina es un documento religioso de Jerónimo de Oré (publicado en 1607), que registra 263 vocablos, de los cuales 108 términos son compartidos con el kallawaya o machajuyay (el 41%), 87 palabras con el quechua (33%), 79 con el aymara (30%) y 29 con el chipaya (11%) (Torero, 1987). Es decir, los que hablaban puquina en el siglo XVII ya tenían palabras prestadas del aymara y del quechua, o que esas palabras (en aymara o quechua) se habrían adoptado del puquina (sus étimos). Entonces, así como se sabe que el 20% de las raíces léxicas del chipaya provienen del aymara, así también mucho de lo aymara (incluso del quechua) provendría del puquina.
